La Fase IV de la Facultad de Ciencias Médicas fue creada en el contexto de integrarse al Sistema de Estudios de Postgrado de la Universidad de San Carlos de Guatemala, para ofrecer a sus egresados la posibilidad de obtener conocimientos actualizados y especializados, que a su vez permitan generar su propio conocimiento en las ciencias de la salud. Fue implementada como unidad de docencia de la Facultad de Ciencias Médicas, según Punto XIII del Acta 898 de sesión de Junta Directiva Extraordinaria de fecha 20 de enero de 1972.

Para cumplir con los objetivos de formación de profesionales, entre los años 70 y 2000 se negociaron convenios entre la Universidad de San Carlos de Guatemala y las autoridades del Ministerio de Salud, así como cartas de entendimiento entre las autoridades de la Facultad de Medicina e instituciones autónomas con el fin de facilitar la infraestructura física y personal de apoyo para el entrenamiento de los profesionales; en el caso de instituciones hospitalarias se les nombró como Hospitales Escuela. A medida que crece la demanda de formación, se establecen negociaciones de este tipo para servir al país de acuerdo a su necesidad.

En el marco de la reestructuración técnica y administrativa de la Facultad y considerando el crecimiento y complejidad de los Programas de Postgrado que oferta, en el uso de las facultades legales que las leyes universitarias le confieren, la Junta Directiva acuerda en sesión extraordinaria del 08 de septiembre de 2008, según consta en el PUNTO PRIMERO, Inciso 1.1 del Acta No. 26-2008 la creación de la Escuela de Estudios de Postgrado de la Facultad de Ciencias Médicas, en sustitución de la Fase IV, como instancia académica responsable de la administración de los estudios de postgrado.

El 16 de junio de 2009, en reunión extraordinaria, la Asamblea General del Sistema de Estudios de Postgrado aprobó el establecimiento del Normativo de la Escuela de Estudios de Postgrado, el cual fue en primera instancia sancionada favorablemente por la Junta Directiva el 21 de abril del mismo año, tal como consta en el PUNTO DUODÉCIMO, Incisos 12.1 y 12.2 del Acta No. 10-2009. Este normativo es la base reglamentaria del funcionamiento y razón de ser de la Escuela.